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pyv y reestructura
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6f13795003
commit
6a117589f0
10 changed files with 219 additions and 165 deletions
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@ -1,167 +1,4 @@
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title: "Guías para Física Computacional"
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title: "Guías para Física Computacional"
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date: 2024-11-14
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date: 2024-11-14
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layout: single
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# Guías para Física Computacional
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## Preparar el entorno
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**Descargar ISOs**
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- [Debian (live)](http://mirrors.ucr.ac.cr/debian-cd/current-live/amd64/iso-hybrid/)
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- [Windows 10](https://www.youtube.com/watch?v=dQw4w9WgXcQ)
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**Virtualizar sistema operativo**
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- [VirtualBox](https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads)
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- [Hyper-V (Exclusivo Windows)](https://learn.microsoft.com/en-us/virtualization/hyper-v-on-windows/quick-start/enable-hyper-v)
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- [Boxes (Exclusivo Linux)](https://flathub.org/apps/org.gnome.Boxes)
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**Instalar sistema operativo**
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Tutorial: [Tutorial para Instalar un sistema operativo]()
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1. Crear USB booteable ([Balena Etcher](https://etcher.balena.io/))
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2. Seleccionar USB en BIOS/Boot Menu (dependiendo de la computadora)
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3. Seguir pasos de instalación (dependiendo del sistema operativo a instalar)
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## Shell
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`builtin`: Función incorporada en el shell (para efectos de estas guías, en GNU Bash). Por ejemplo, `for`, `break`, `return`, etc.
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| Comando | Descripción | Ejemplo |
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| [`man`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/man.1.html) | Ver manuales de referencia del sistema | `man ls` |
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| [`pwd`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/pwd.1.html) | Imprimir nombre del directorio | `pwd` |
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| [`ls`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/ls.1.html) | Listar contenidos del directorio | `ls` |
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| [`cd`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/cd.1p.html) | [`builtin`] Cambiar el directorio actual | `cd Descargas` |
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| [`mkdir`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/mkdir.1.html) | Crear directorios | `mkdir carpeta` |
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| [`touch`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/touch.1.html) | Cambiar marcas de tiempo | `touch ejemplo.txt` |
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| [`rm`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/rm.1.html) | Eliminar archivos o directorios | `rm ejemplo.txt` |
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| [`cp`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/cp.1.html) | Copiar archivos y directorios | `cp a.txt a-copia.txt` |
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| [`mv`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/mv.1.html) | Mover (renombrar) archivos | `mv doc.pdf book.pdf` |
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| [`echo`](https://www.man7.org/linux/man-pages/man1/echo.1.html) | [`builtin`] Mostrar una línea de texto | `echo "hola $USER!"` |
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| [`cat`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/cat.1.html) | Concatenar archivos | `cat a.txt b.txt` |
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| [`cut`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/cut.1.html) | Eliminar secciones de una línea | `cut -d. -f1 /etc/hosts` |
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| [`head`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/head.1.html) | Imprimir la primera parte de archivos | `head /etc/passwd` |
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| [`tail`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/tail.1.html) | Imprimir la última parte de archivos | `tail /etc/passwd` |
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| [`wc`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/wc.1.html) | Imprime líneas, palabras, bytes de un archivo | `wc -l /proc/cpuinfo` |
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| [`uniq`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/uniq.1.html) | Reportar u omitir líneas repetidas | `uniq archivo.txt` |
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| [`grep`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/grep.1.html) | Imprime líneas que coincidan con patrones | `grep 'NAME' /etc/os-release` |
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| [`sed`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/sed.1.html) | Editor de secuencias: filtrar, transformar texto | `sed 's/N/P/g' /etc/os-release` |
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| [`awk`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/awk.1p.html) | Lenguaje de escaneo y procesado de patrones | `awk '{ print $2 }' /proc/meminfo` |
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| [`ps`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/ps.1.html) | Reporta instantánea de procesos actuales | `ps aux` |
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| [`du`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/du.1.html) | Estimar el uso del espacio de archivo | `du -h archivo.txt` |
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## Vim
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Vi IMproved, un editor de texto para programadores
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## Git
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```sh
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mkdir -p ~/.config/git
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vim ~/.config/git/config
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```
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Vamos a crear un archivo de configuración base para git. No es de mucha
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relevancia el usuario e email que escribamos aquí, funciona más que nada como
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referencia para saber quién hizo un cambio. Por ejemplo, aquí podría poner
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`name = compu1` para identificar que un cambio fue hecho desde la computadora 1.
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El archivo debería verse así:
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```toml
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[user]
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email = miusuario@correo.com
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name = usuario
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```
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Ahora, necesitamos una forma de autenticarnos en un servidor corriendo `git`.
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Primero, necesitamos crear una llave SSH:
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```sh
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ssh-keygen -t ed25519
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# Va a pedir nombre de la llave, y una contraseña, nada de esto es necesario.
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# Podemos simplemente presionar ENTER hasta que se cree la llave.
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```
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Ahora, necesitamos agregar esta llave en la plataforma de preferencia.
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Primero, la imprimimos en la terminal y la copiamos (usualamente con
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`Ctrl+Shift+V`)
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```sh
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cat ~/.ssh/id_ed25519.pub
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```
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Para agregarla en [GitHub](https://github.com/settings/keys), pegamos la llave
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en la pestaña _Ajustes > Llaves SSH y GPG_.
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## Python
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El procedimiento de descargar python varía de acuerdo al sistema operativo que
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estemos utilizando, para instalarlo en Debian GNU/Linux (y derivados como
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Ubuntu):
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```sh
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sudo apt install python3 python-is-python3 python3-dev python3-pip python3-venv
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```
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Necesitaremos varias librerías base para poder trabajar con Python, para
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obtener las librerías de forma ordenada podemos:
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**1. Preparar un entorno virtual "base"**
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```sh
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# Este comando:
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# Crea un entorno virtual y lo guarda en ~/.local/share/venv/base
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python -m venv ~/.local/share/venv/base
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```
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**2. Llamar al entorno de manera sencilla**
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```sh
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# OPCIÓN 1
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# Agrega una instrucción al bashrc que llama al script activate para activar el
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# entorno virtual (como está en el bashrc, correrá automáticamente en nuevas
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# instancias de Bash)
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echo ". ~/.local/share/venv/base/bin/activate" >> ~/.bashrc
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# OPCIÓN 2
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# En lugar de siempre activar el mismo entorno, podemos crear un alias "venv"
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# que al escribirse activa el entorno "base". Es decir, cada vez que vayamos
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# a trabajar en un proyecto de python, escribimos "venv".
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echo 'alias venv=". ~/.local/share/venv/base/bin/activate"' >> ~/.bashrc
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```
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**3. Instalar librerías**
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```sh
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pip install --upgrade pip # Actualizar pip a la versión más reciente
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pip install jupyter # Podemos instalar un paquete
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pip install numpy matplotlib scipy # ... o varios a la vez
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pip install mkdocs mkdocs-material
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```
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## C/C++
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```sh
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sudo apt install build-essential
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sudo apt install libomp-dev openmpi-bin libopenmpi-dev
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```
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9
content/blog/fisica-computacional/cpp.md
Normal file
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content/blog/fisica-computacional/cpp.md
Normal file
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@ -0,0 +1,9 @@
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title: "6. C/C++"
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date: 2024-11-14
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```sh
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sudo apt install build-essential
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sudo apt install libomp-dev openmpi-bin libopenmpi-dev
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```
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41
content/blog/fisica-computacional/git.md
Normal file
41
content/blog/fisica-computacional/git.md
Normal file
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@ -0,0 +1,41 @@
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title: "4. git"
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date: 2024-11-14
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```sh
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mkdir -p ~/.config/git
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vim ~/.config/git/config
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```
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|
Vamos a crear un archivo de configuración base para git. No es de mucha
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|
relevancia el usuario e email que escribamos aquí, funciona más que nada como
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|
referencia para saber quién hizo un cambio. Por ejemplo, aquí podría poner
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|
`name = compu1` para identificar que un cambio fue hecho desde la computadora 1.
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|
El archivo debería verse así:
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```toml
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[user]
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email = miusuario@correo.com
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name = usuario
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```
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Ahora, necesitamos una forma de autenticarnos en un servidor corriendo `git`.
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Primero, necesitamos crear una llave SSH:
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```sh
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ssh-keygen -t ed25519
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|
# Va a pedir nombre de la llave, y una contraseña, nada de esto es necesario.
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|
# Podemos simplemente presionar ENTER hasta que se cree la llave.
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|
```
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|
Ahora, necesitamos agregar esta llave en la plataforma de preferencia.
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|
Primero, la imprimimos en la terminal y la copiamos (usualamente con
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`Ctrl+Shift+V`)
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```sh
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cat ~/.ssh/id_ed25519.pub
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```
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Para agregarla en [GitHub](https://github.com/settings/keys), pegamos la llave
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en la pestaña _Ajustes > Llaves SSH y GPG_.
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23
content/blog/fisica-computacional/preparar_entorno.md
Normal file
23
content/blog/fisica-computacional/preparar_entorno.md
Normal file
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@ -0,0 +1,23 @@
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title: "1. Preparar el entorno"
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date: 2024-11-14
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## Descargar ISOs
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- [Debian (live)](http://mirrors.ucr.ac.cr/debian-cd/current-live/amd64/iso-hybrid/)
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- [Windows 10](https://www.youtube.com/watch?v=dQw4w9WgXcQ)
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|
## Virtualizar sistema operativo
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- [VirtualBox](https://www.virtualbox.org/wiki/Downloads)
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- [Hyper-V (Exclusivo Windows)](https://learn.microsoft.com/en-us/virtualization/hyper-v-on-windows/quick-start/enable-hyper-v)
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- [Boxes (Exclusivo Linux)](https://flathub.org/apps/org.gnome.Boxes)
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## (Opcional) Instalar sistema operativo
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Tutorial: [Tutorial para Instalar un sistema operativo]()
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1. Crear USB booteable ([Balena Etcher](https://etcher.balena.io/))
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2. Seleccionar USB en BIOS/Boot Menu (dependiendo de la computadora)
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3. Seguir pasos de instalación (dependiendo del sistema operativo a instalar)
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90
content/blog/fisica-computacional/python.md
Normal file
90
content/blog/fisica-computacional/python.md
Normal file
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@ -0,0 +1,90 @@
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title: "5. Python"
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date: 2024-11-14
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lastmod: 2024-12-25
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|
El procedimiento de descargar python varía de acuerdo al sistema operativo que
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estemos utilizando, para instalarlo en Debian GNU/Linux (y derivados como
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Ubuntu):
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```sh
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sudo apt install python3 python-is-python3 python3-dev python3-pip python3-venv
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```
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Necesitaremos varias librerías base para poder trabajar con Python, para
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obtener las librerías de forma ordenada podemos:
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**1. Preparar un entorno virtual "base"**
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```sh
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# Este comando:
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# Crea un entorno virtual y lo guarda en ~/.local/share/venv/base
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python -m venv ~/.local/share/venv/base
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```
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**2. Llamar al entorno de manera sencilla**
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```sh
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# OPCIÓN 1
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# Agrega una instrucción al bashrc que llama al script activate para activar el
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|
# entorno virtual (como está en el bashrc, correrá automáticamente en nuevas
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|
# instancias de Bash)
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echo ". ~/.local/share/venv/base/bin/activate" >> ~/.bashrc
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|
# OPCIÓN 2
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|
# En lugar de siempre activar el mismo entorno, podemos crear un alias "venv"
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|
# que al escribirse activa el entorno "base". Es decir, cada vez que vayamos
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|
# a trabajar en un proyecto de python, escribimos "venv".
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||||||
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|
echo 'alias venv=". ~/.local/share/venv/base/bin/activate"' >> ~/.bashrc
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```
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|
**3. Instalar librerías**
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|
Una vez tengamos activado el entorno, podemos empezar a instalar los paquetes
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|
necesarios para el curso.
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```sh
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pip install --upgrade pip # Actualizar pip a la versión más reciente
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pip install jupyter # Podemos instalar un paquete
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pip install numpy matplotlib scipy # ... o varios a la vez
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pip install mkdocs mkdocs-material
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```
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# Opción automatizada: `pyv`
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Con esta herramienta podemos abstraer la funcionalidad del módulo de
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python-venv que se utiliza anteriormente para el manejo de librerías.
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|
Página del proyecto `pyv`: [git.tavo.one/tavo/pyv](https://git.tavo.one/tavo/pyv)
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Tutorial completo sobre `pyv`:
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{{< rawhtml >}}
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<video width=100% controls>
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<source src="https://r2.tavo.one/blog/pyv.mp4" type="video/mp4">
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|
Your browser does not support the video tag.
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</video>
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{{< /rawhtml >}}
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**Instalar `pyv`**
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```sh
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git clone https://git.tavo.one/tavo/pyv.git ~/.local/share/pyv
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printf 'for f in pyv pyv_comp.bash ; do if [ -f ~/.local/share/pyv/$f ] ; then . ~/.local/share/pyv/$f ; fi ; done' >> ~/.bashrc
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```
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Si tenemos la herramienta `pyv` instalada, podemos abstraer esta funcionalidad.
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Por ejemplo, con los siguientes comandos:
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```sh
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pyv new v1 # create venv named v1
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pyv new v2 # create venv named v2
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pyv ls # list venvs
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pyv rm v2 # delete venv named v2
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pyv enter v1 # enter venv named v1
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pyv exit # exit current venv
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```
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30
content/blog/fisica-computacional/shell.md
Normal file
30
content/blog/fisica-computacional/shell.md
Normal file
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|
@ -0,0 +1,30 @@
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title: "2. Shell"
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date: 2024-11-14
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|
`builtin`: Función incorporada en el shell (para efectos de estas guías, en GNU Bash). Por ejemplo, `for`, `break`, `return`, etc.
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| Comando | Descripción | Ejemplo |
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|-:|-|-|
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| [`man`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/man.1.html) | Ver manuales de referencia del sistema | `man ls` |
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|
| [`pwd`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/pwd.1.html) | Imprimir nombre del directorio | `pwd` |
|
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|
| [`ls`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/ls.1.html) | Listar contenidos del directorio | `ls` |
|
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|
| [`cd`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/cd.1p.html) | [`builtin`] Cambiar el directorio actual | `cd Descargas` |
|
||||||
|
| [`mkdir`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/mkdir.1.html) | Crear directorios | `mkdir carpeta` |
|
||||||
|
| [`touch`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/touch.1.html) | Cambiar marcas de tiempo | `touch ejemplo.txt` |
|
||||||
|
| [`rm`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/rm.1.html) | Eliminar archivos o directorios | `rm ejemplo.txt` |
|
||||||
|
| [`cp`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/cp.1.html) | Copiar archivos y directorios | `cp a.txt a-copia.txt` |
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| [`mv`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/mv.1.html) | Mover (renombrar) archivos | `mv doc.pdf book.pdf` |
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| [`echo`](https://www.man7.org/linux/man-pages/man1/echo.1.html) | [`builtin`] Mostrar una línea de texto | `echo "hola $USER!"` |
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| [`cat`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/cat.1.html) | Concatenar archivos | `cat a.txt b.txt` |
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| [`cut`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/cut.1.html) | Eliminar secciones de una línea | `cut -d. -f1 /etc/hosts` |
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| [`head`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/head.1.html) | Imprimir la primera parte de archivos | `head /etc/passwd` |
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| [`tail`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/tail.1.html) | Imprimir la última parte de archivos | `tail /etc/passwd` |
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| [`wc`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/wc.1.html) | Imprime líneas, palabras, bytes de un archivo | `wc -l /proc/cpuinfo` |
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| [`uniq`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/uniq.1.html) | Reportar u omitir líneas repetidas | `uniq archivo.txt` |
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| [`grep`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/grep.1.html) | Imprime líneas que coincidan con patrones | `grep 'NAME' /etc/os-release` |
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| [`sed`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/sed.1.html) | Editor de secuencias: filtrar, transformar texto | `sed 's/N/P/g' /etc/os-release` |
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| [`awk`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/awk.1p.html) | Lenguaje de escaneo y procesado de patrones | `awk '{ print $2 }' /proc/meminfo` |
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| [`ps`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/ps.1.html) | Reporta instantánea de procesos actuales | `ps aux` |
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| [`du`](https://man7.org/linux/man-pages/man1/du.1.html) | Estimar el uso del espacio de archivo | `du -h archivo.txt` |
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content/blog/fisica-computacional/vim.md
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title: "3. vim"
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date: 2024-11-14
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Vi IMproved, un editor de texto para programadores
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